Beruniy là thủ đô của Khwarezm từ dưới vương triều Afrighid vào khoảng năm 305 CN, thay thế cho thủ đô cũ là Toprak-Kala.[2][3] Vào thời điểm đó nó được gọi là Kath (tiếng Uzbek hiện đại: Kos). Thành phố đã trải qua nhiều lần thay đổi tên; một số tên gọi là Fil và Shobboz. Năm 1957, nó được đổi tên thành Beruniy để vinh danh học giả Abū Rayḥān al-Bīrūnī, người sinh ra và lớn lên tại đây.[2][3]

Beruniy được nâng lên cấp thành phố vào năm 1962.[2][4] Năm 1969, nước sông Amu Darya tràn qua bờ của nó.[5][6] Kết quả là một số tòa nhà ở Beruniy bị hư hại nặng. Tuy nhiên, chúng đã được sửa chữa nhanh chóng.